Mikrobiologická terapie zahrnuje prevenci a léčení nemocí, které souvisejí se sliznicemi. Přitom jsou hlavně nasazeny fyziologické bakterie ( Probiotika).

K hlavním indikacím mimo jiné patří:

-skupina nemocí na základě alergie,
-chronické zánětlivé střevní nemoci,
-akutní a chronické nemoci z oblasti ORL (rhinitis, sinusitis, otitis, tonsilitis, angina),
-chronické infekce dolních dýchacích cest,
-chronické infekce urogenitálního traktu,
-atopický ekzém,
-gastrointestinální poruchy ( průjmová onemocnění, zácpa, dráždivý tračník).

Účinek mikrobiologické terapie se opírá o změnu prostředí střevní slinice (regulace pH), zásobení enterocytů živinami a úpravu střevní flóry. Dalším účinným mechani-zmem je regulativní vliv mikroorganizmů (zárodek imunity) na mukózní imunitní systém. Mikrobiologická terapie se v dalším smyslu zabývá nasazením ne- fyziologických a částečně patogenních zárodků. Jsou pojmenovány jako apatogenní mikroorganizmy saccharomyces boulardii (léčení průjmu) a bacillus subtilis. Patogenní zárodky jsou použity v umrtvené formě, jsou avšak málo zastou-peny v obchodních preparátech. Účinný mechanizmus je podobný, jako můžeme pozorovat u očkování.