V posledních 50 letech měla mikrobiologická terapie za úkol dokumentovat terapeutické zkušenosti a rozšiřovat možnosti nasazení probiotik. Výše byla jednotlivá probiotika izolovaně představena. Mikrobiologická terapie se odvozovala podle rozdílných pohledů komplexního léčebného plánu. ( S ohledem na indikace léčebného doporučení.) V tom příspěvku můžeme navíc ještě popsat základní rysy. Základní legenda a osvědčené schéma ošetření pomocí mikrobiologické terapie je na obrázku č. 3. Nejprve přichází ošetření s umrtvenými zárodky ( na schématu je to označeno zeleně). V následujících dvou fázích jsou nasazeny živé bakterie. Ve fázi 1 jsou použity živé enterokoky ( červeně označeno), ve fázi 2 živé coli- bakterie ( modře označeno). Schéma může být doplněno průvodní dávkou bakterií mléčného kvašení, které jsou použity v autovakcíně (oranžově označeno), stejně jako použití jiných komplementárních přírodních léčivých metod - akupunktury a homeopatie. Všeobecně je třeba stále s pacienty hovořit o zdraví podporujících opatřeních ( změna stravování, vyloučení alergénů, minimalizování zánět podporujících biogenních aminů atd..). Pomocí následujícího příkladu můžeme ukázkově představit činnost mikrobiologické terapie.