Medicínské probiotikum je mikrobiální preparát z živých i neživých mikroorganizmů, které jsou určeny k použití jako léčebný prostředek. Jejich účinek se opírá především o zvýšení obranyschopnosti organizmu.
Do tohoto pojmu budeme zahrnovat všechny životu důležité substance, které způsobují tělu prospěšné biologické procesy.V protikladu stávajícím antibiotikům.

Medicínsky využívaná probiotika si můžeme dnes rozdělit do sedmi rúzných kategorií:

-volné buňky - ektrakty / lyzáty z fyziologických mikroorganizmů
-živé mikroorganizmy
-kombinace předchozích 1+ 2
-autovakcíny z apatogenních bakterií (E.colli)
-autovakcíny z apatogenních mikroorganizmů (jako např.staphylokoky, candida)
- extrakty / lyzáty z patogenních bakterií
- heterovakcíny z patogenních bakterií ( jako např. zárodky některých bakterií)

Při rozmanitosti produktu budou rozlišovány čtyři základní principy účinnosti:

a)účinek na vliv prostředí prostřednictvím velkého množství dodaných mikrobů
mléčného kvašení
b) nespecifický imunitní účinek na fagocyty a na komplementový systém
c) specifický imunitní účinek na buněčný systém typu B a T (E.colli, enterokoky)
d) specifický účinek na imunitní systém podle vzoru očkování (oportunní bakterie)