Lidský gastrointestinální trakt poskytuje prostředí pro komplexní a přizpůsobivý mikrobiální ekologický systém, který je již dán při narození, druhy enterobakterií stejně tak jako rody bifidobakterií a mikroorganizmů, které se tam usídlí později.
Čím je člověk starší, tím také přijímá větší množství rozdílných, zpravidla obligátních anaerobních bakteriálních druhů. Asi 400 až 500 rozdílných bakteriálních druhů osídlí jak lumen střeva, tak vnitřní stěnovou vrstvu, jakož i také povrchovou vnější slizniční vrstvu. Přitom tenké střevo ukazuje (10 x 3 - 10 x 7 buněk / gram sušiny) zřetelně menší hustotu osídlení než tlusté střevo ( 10 x 10 - 10 x 12 buněk / gram sušiny). Dominují bakteroidy, eubakterie, bifidobakterie, clostridie, fusobakterie a pepto-streptokoky. Ve skupině fakultativních anaerobů najdeme gramnegativní Enterobaktery ( Escherichia coli, Klebsiella, Proteus) a grampozitivní Enterokoky.
Společný život hostitele s mikroorganizmy poskytuje oboustranný užitek.
Tak slouží potravní součástky a hostitelem kultivované substance mikrobům jako zdroj uhlíkatých létek a energie. Jinak by tělo nebylo zásobeno krátkými řetězci mastných kyselin, které vznikají jako produkty fermentace mikroflóry ( kyselina octová, propionová a máselná). Butyrát slouží enterocytům jako hlavní zdroj energie, zatímco acetát se mění ve svalové tkáni a propionát v játrech během látkové výměny. 5-10% veškerých energetických zásob si člověk získává z krátkých řetězců nenasycených mastných kyselin. Mikroflóra se kromě toho podílí na mnoha biochemických procesech, jako transformace steroidů a žlučových kyselin a odbourávání polyfenolových vazeb. Zvláštní význam slizniční mikroflóry spočívá v obraně proti původcům nemocí a v stimulaci mukózního imunitního systému.

Pro diagnosticko - terapeutické účely máme následující vhodné rozdělení :

-ochranná flóra
-imunitní flóra
-proteolytická flóra